Venga, puedes hacerlo fácilmente. Entra en la shell de MySQL y haz
SHOW VARIABLES;
SET GLOBAL slow_query_log = 'ON';
FLUSH LOGS;
En el caso de querer deshabilitar los logs (u otras funciones), lo ponemos en OFFRecuerda que cuando reinicies el servicio, la configuración que prevalece es la del my.cnf. Este cambio es temporal.