Venga, puedes hacerlo fácilmente. Entra en la shell de MySQL y haz
SHOW VARIABLES;
SET GLOBAL slow_query_log = 'ON';
FLUSH LOGS;
En el caso de querer deshabilitar los logs (u otras funciones), lo ponemos en OFF
Recuerda que cuando reinicies el servicio, la configuración que prevalece es la del my.cnf. Este cambio es temporal.